(一)
Fst:群体间遗传分化指数,是种群分化和遗传距离的一种衡量方法,分化指数越大,差异越大。适用于亚群体间多样性的比较。
用于衡量种群分化程度,取值从0到1,为0则认为两个种群间是随机交配的,基因型完全相似;为1则表示是完全隔离的,完全不相似。它往往从基因的多样性来估计,比如SNP或者microsatellites(串联重复序列一种,长度小于等于10bp)。是一种以哈温平衡为前提的种群遗传学统计方法。
两个种群之间遗传差异的基本测量是统计量FST。在遗传学中,F一词通常代表“近亲繁殖”,它倾向于减少群体中的遗传变异。遗传变异可以用杂合度来衡量,所以F一般表示群体中杂合性的减少。FST是与它们所属的总群体相比,亚群体中杂合性的减少量。
具体可以下面的公式表示:
Fst= (Ht-Hs)/ Ht
Hs:亚群体中的平均杂合度
Ht:复合群体中的平均杂合度
理论上要估算FST,需要以下步骤:
找出每个亚群的等位基因频率。
查找复合群体的平均等位基因频率
计算每个亚群的杂合度(2pq)
计算这些亚群杂合度的平均值,这是HS。
根据总体等位基因频率计算杂合度,这是HT。
最后,计算FST =(HT-HS)/ HT
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